基因核酸分子診斷是以現代生命科學應用為需求牽引,以各種先進制造和儀器科學技術為手段研制檢測儀器,結合各種測試技術、分析技術和其他基礎學科的科學原理,對生物個體、氣管、組織、細胞和基因進行定性、定量觀察,比較分析和判斷。
以上這段是對分子診斷行業(yè)最為全面的描述和定義,我國的分子診斷最早起步于上世紀六七十年代,但是那個時候由于技術和設備的落后并未被廣泛認可,而后隨著PCR技術的出現和廣泛應用,分子診斷技術才開始從傳染病領域,諸如肝炎、性病、SARS等方向逐漸切入臨床應用市場。
目前分子診斷技術和產品已經廣泛應用于臨床,今天給大家一一介紹一下分子診斷行業(yè)相關的主要儀器和創(chuàng)新產品。
核酸提取儀器
核酸是生物的遺傳物質,也是分子診斷的基石,傳統(tǒng)的核酸提取方法一般會使用無機或者有機物裂解細胞,釋放核酸,然后再使用一些方法對其進行分離,達到核酸提取的目的,比如熱裂解、堿裂解、超聲裂解等等。
隨著納米磁珠、硅膠膜等材料的使用,核酸提取進入了自動化的時代,基于硅膠膜的柱離心法因為操作麻煩已經使用比較少了,基于磁珠的核酸提取方法成為主流。
從產品設計上,核酸提取儀可以分為上吸式和下吸式,也就是通過轉移磁珠完成提取的我們叫上吸式,轉移液體完成提取的叫下吸式。
從產品功能上,可以分為半自動核酸提取儀和全自動核酸提取工作站,前者使用預裝板完成提取,需要手工加樣和轉移核酸,通量多以12的倍數為單位,12、24、36、48、96樣本通量為主;比較流行的產品有GeneRotex全自動旋轉核酸提取儀、NP968-S核酸提取儀、EX3600等等,這次新冠疫情過后,基本上各個PCR實驗室都配備了核酸提取儀,而且也出現了很多的新產品,在設計和功能上更完善。
全自動核酸提取工作站和半自動核酸提取儀的最大區(qū)別在于,全自動的工作站能夠完成從樣本到PCR上機前的所有操作(加樣、提取、體系配置),以前的時候還需要手工開蓋,現在各種分杯系統(tǒng)的上市,開蓋都是機器操作了,更加智能。比較流行的品牌有天隆科技的9600E、圣湘的Natch CS、之江的Autrax等,進口的產品有羅氏的4800,PE、豪洛捷等品牌。
PCR儀(系統(tǒng))
經歷過前面的核酸提取之后,就進入到核酸檢測的環(huán)節(jié),這個環(huán)節(jié)的主要設計的儀器是PCR儀,PCR儀根據其功能可以分為以下3種:定性PCR儀、熒光定量PCR儀和數字PCR儀。
定性PCR儀是最早的一個產品,主要的功能是根據設置好的溫度梯度完成核酸的擴增,它的出現取代了最早PCR實驗需要用梯度水浴鍋的尷尬處境。簡單來說這就是個“溫控系統(tǒng)”,所以市場售價也比較便宜。比如Genesy-96T、iCyling 96梯度PCR儀、Life Touch基因擴增儀等。
熒光定量PCR儀的組成相比較定性PCR儀升級最大的就是增加了光學系統(tǒng),而且其擴增體系和PCR原理也有所不同,增加了熒光染料或者熒光探針,通過信號變化實時監(jiān)控整個PCR的過程。把擴增和檢測的功能集成到了一起,閉管反應,大大降低了污染的風險。這塊國內做的好品牌有上海宏石、杭州博日、達安基因、天隆科技、雅睿、安杰思等,國外主流品牌有ABI、伯樂、羅氏、賽沛等等。
在這里也教大家一個在實驗室里區(qū)分定性PCR儀和定量PCR儀的方法,看它連不連電腦,一般定性的都是機器自己帶屏幕,定量的需要連個電腦,僅供參考。
數字PCR儀是PCR儀領域新興的一個技術產品,主要特點是能夠絕對定量、具有超高靈敏度,其采用了微流控+微納米制造技術能夠將溶液分散成單獨的微反應單元,配合軟件算法實現了真正的絕對定量。
國外市場主要以伯樂、賽默飛的數字PCR為主流,國內數字PCR產業(yè)發(fā)展迅速,目前已經有杭州領航、新羿生物、臻準生物、順德永諾、小海龜等一批企業(yè)和產品陸續(xù)上市。
此前很多人問我說,你覺得數字PCR儀會取代熒光PCR儀么?
我個人覺得不太可能,成本是一方面,另一方面是真正的臨床應用并不一定需要這么精準的檢測技術。而憑借數字PCR技術精準的優(yōu)勢,其應用領域未來會集中在移植排斥游離DNA監(jiān)測、液體活檢、NIPT等方向。就像殺雞用菜刀,殺牛用電刀,非要用個電刀去殺雞也沒什么必要。
基因測序儀器
基因測序是當下比較火的分子診斷技術領域之一,通過盡可能多的得到被測物中的核酸序列,進而分析其能帶來的價值,目前基因測序技術一定發(fā)展到第四代,第一代測序技術是非常經典的Sanger測序(雙脫氧核苷酸末端終止測序法),目前市面還能看到的商品化產品有海爾施的呼吸道13聯檢,是Sanger測序配合毛細管電泳做的產品;
第二測序技術目前應用最為廣泛,其最顯著的特點就是高通量,市場上主要的玩家是Illumina、華大基因等,當然基于再研發(fā)的服務類公司就很多了;
第三代測序技術也叫單分子測序技術,它解決了一代和二代在測序前的文庫制備和PCR擴增步驟,如果我們全流程來看分子診斷,三代之前的測序都是放在經過PCR儀器處理之后來完成,但是第三代測序技術就把測序放在了和熒光定量PCR儀平行的位置上,這個改變帶來的最大好處就是測序技術的門檻降低,更加普適化。
第四代測序技術嚴格意義上講,其屬于第三代技術的一個升級版,姑且可以叫第3.5代技術,但其帶來的飛躍也是明顯,主要體現在對檢測設備的成本控制上,其采用了納米孔檢測技術,使得信號的捕捉不再依賴高速攝像機或者高分辨的CCD相機。
基因芯片儀器
基因芯片技術也可以叫核酸芯片、微陣列芯片等,是目前應用最為廣泛的一種生物芯片技術,將設計好的核酸片段有序的固定在固相支持物上,然后是其與PCR擴增之后的產物進行雜交,通過檢測信號來判讀結果。
基因芯片技術相比于熒光PCR技術而言,解決了檢測靶標通量的問題,一張芯片能夠集成非常多的檢測靶點,這就使得這項技術在基因突變、細菌耐藥方面具有極大的優(yōu)勢,現在主要的玩家有博奧、凱普、亞能、博暉創(chuàng)新等。
原來基因芯片的臨床應用多放在PCR4區(qū)進行,需要經過PCR擴增之后再拿去做雜交,而博奧、博暉創(chuàng)新等自動化產品的讓基因芯片有了更大應用場景,自動化也是基因芯片未來的主航道。
分子POCT儀器
分子POCT儀器屬于是當下比較火的細分領域之一,行業(yè)對其更多的期望是能夠走出實驗室,面向基層,面向臨床科室市場,但是這一路其實并不好走。有興趣的可以翻翻IVD從業(yè)者網的歷史文章,有很多相關資料。
分子POCT目前有幾個熱門技術方向:微流控、微液滴、芯片、核酸快檢等等。主要已經上市的品牌有優(yōu)思達、博奧晶芯、奧然、百康芯、萬孚倍特等等,國內做的非常成功的有賽沛的GeneXpert系統(tǒng)、梅里埃的Flimarray系統(tǒng)等。
核酸質譜儀器
感覺分子診斷火了之后,很多細分技術和領域也跟著都火了,核酸質譜就是其中一個,質譜的原理就是將樣品分子離子化,然后在電場中施加力的作用,使其分離,進而得到質譜圖譜。
核酸質譜使用的質譜電離技術主要還是采用ESI和MALDI,兩個都是軟電離,目前市面上的核酸質譜儀主要有安圖的Autof ms1000、Clin-TOF II臨床飛行時間質譜系統(tǒng)和中元匯吉質譜儀EXS3000等。
分子FISH產品
這是一個經常被遺忘的分子診斷細分領域,因為產品主要都應用在病理科,與主戰(zhàn)場檢驗科隔行了,所以關注度并不高,市場上玩家也比較少。和PCR、NGS相比,FISH技術在染色體數目、結構異常、基因缺失、重排以及基因融合等方面具有獨特的優(yōu)勢。
FISH檢測也是檢測乳腺癌Her-2基因和肺癌ALK基因斷裂的金標準,其適用的儀器設備主要是熒光顯微鏡。